库底清理过程中，卫生清理是项关键任务，需要对170米线下区域的粪池、沼气池、牲畜栏等一般性污染源进行清理，对医疗卫生机构、屠宰场等传染性污染源进行清理。此外，还需对库底的生物性污染源进行清理，在库底进行灭鼠等工作。
比如清理一处粪池，首先要把粪池里的污物挖出来，统一运到170米线上的集中处，在粪池四壁撒上漂白粉，然后对粪池进行回填。在这一过程中，还需对处理后的粪池进行采样分析，看是否达到粪便无害化处理的国家标准。
在郧县，需要清理的沼气池比较多。在清理过程中，卫生防疫人员把洒水车进行改装，形如吸粪车。把管道伸入沼气池中，先将污物吸出一部分，然后用机械挖掘，将污物清理干净，再撒上漂白粉，回填。
库底生物性传染源的清理，主要包括对居民区、耕作区以及农贸市场、仓库等地区进行灭鼠。卫生防疫人员要测量灭鼠区的老鼠密度，投放毒饵。投放毒饵后，还需在灭鼠区设立警示牌。经过灭鼠，丹江口库区的老鼠密度已下降到1%以下。
数以千计的卫生清理人员，还深入各个村庄拾捡生活垃圾，仅在丹江口市，清理出来的垃圾就装了6大车。此外，丹江口市清理房屋面积超过300万平方米，清理烟囱14处、大中型桥梁14座。郧县拆除大中型桥梁6座，清理房屋面积近200万平方米。
每一项清理工作完成后，还需对清理地区再取样化验，看是否达到国家相关标准。据统计，仅在丹江口市和郧县，取样化验的标本就近1万份。这些合格的样本，有力地证明库底的卫生得到很大改善。