在新国标校车的普及过程中，校车价格和校车运行费用是需要解决的首要问题。校车运营资金到底应该从哪里来呢？
经费不足可能是校车运营不能规范化的另一个主要原因。校车在一些发达国家，已纳入社会公共服务体系。国家和地方政府对购置新车和校车运营经费没有明确的财政政策扶持。购置新校车甚至不能像公交车一样享受购置税减免的优惠政策。
一辆56座大鼻子校车的售价是54万，按照6年报废期限来算，每年的折旧费就达9万元。此外，校车维护、司机工资等日常开支不低。此外，专用的校车的使用率并不高，在上学放学时间接送孩子，上课和放假期间又去营运载客，这明显不合适。排除寒暑假，一辆专用校车一年仅运营220天。
尽管定制校车目前来看未能盈利，校车公司和校车实际运营者也希望政府能够给些补贴，让他们有信心买得起，也能用得起。各地在对校车补贴方面的政策不尽相同，有的地方会根据校车座位数进行补贴，有的地方则会根据校车价格按照一定比例进行补贴。
福州校车公司公布最新的校车线路